在婚姻方面，侯耀文并不是一帆风顺的，他先后有过3位妻子。第一位妻子叫刘彦，是铁路文工团的一位舞蹈演员，二人在1990年离婚，第二位妻子是演员袁茵，二人的婚姻维持了12年，巧合的是他的第三位妻子又是铁路文工团的舞蹈演员。
在侯耀文的3位妻子中，他和第二位妻子袁茵的故事最特别。事实上，就在侯耀文去世之前不久，他们之间的故事正是媒体热炒的焦点。
侯耀文和袁茵是在拍摄《特行警察》时认识的，后来走到了一起。然而随着侯耀文担任了团长职务，他的工作日见繁忙，二人开始聚少离多。
2004年，当侯耀文和袁茵婚姻破裂的消息传出之后，就有消息说二人分手的原因是因为另一位相声演员戴志诚。而在侯耀文和袁茵离婚之前，戴志诚已经和妻子、小品演员杨蕾离婚。不过，当时侯耀文并没有承认此事。然而，今年早些时候，袁茵和戴志诚正式结婚，也让这场已经平息的风波又起波澜。只是没有想到，这场风波刚刚掀起不久，侯耀文就撒手人寰。
侯耀文与郭德纲——收徒于危机中
侯耀文一生收了不少徒弟，但其中名气最大的还是郭德纲。
侯耀文收郭德纲为徒可以说是用心良苦。当时的郭德纲刚刚崭露头角，却因为口没遮拦得罪了不少人，对于郭德纲的批判声音越来越多。
这个时候，侯耀文站了出来将郭德纲收到门下，并且将他调入铁路文工团。侯耀文此举被很多人认为是对郭德纲的保护，让这位相声界的新星有了“合法”的地位。
不过，侯耀文也会明确指出郭德纲的不足：“由于他现在的年龄、阅历导致他现在的这种繁忙，读书的时间少了，充实的机会少了，坐下来冷静考虑问题的时候少了。他先天条件好，嗓子好，但是作为这个年龄来讲，修养就不够。一个艺术家要想一辈子成为站在舞台上的不败的斗士，他会经常变化的，不变化就是死。所以我觉得像他这么聪明的人，他怎么会不变呢？”
